يعمل أحمد أبويوسف كباحث في وحدة الدراسات السياسية بمركز الحبتور للدراسات. تتمحور اهتمامات أحمد أبويوسف البحثية حول دراسات السلام والصراع في منطقة الشرق الأوسط، مع التركيز بشكل خاص على دراسة الجماعات المسلحة المنخرطة في الحروب الأهلية في المنطقة، وخاصةً في سوريا وليبيا. كما أنه مهتم أيضًا بدراسة تأثير التنافس الطائفي بين إيران والمملكة العربية السعودية على تعزيز الهويات الطائفية في المنطقة. علاوة على ذلك، يبحث أحمد في الآثار الجانبية للصراعات في المنطقة وعلى المناطق المجاورة، بما في ذلك أوروبا.
وقبل انضمامه إلى مركز الحبتور للأبحاث، عمل أحمد في العديد من مراكز الأبحاث المحلية والدولية مثل المركز العربي للأبحاث ودراسة السياسات، ومركز سیف بن هلال لدراسات وأبحاث علوم الطاقة، ومركز دراسات الشرق الأوسط بباريس «سيمو». كما عمل أيضًا في عددٍ من المنظمات الإنسانية الدولية مثل منظمة تير دي زوم (Terre des Hommes) في مصر ومنظمة هيومنيكسس (Humanexus) في السويد.